بخش تحقيقات آفات و بيماريهاي گياهي مركز تحقيقات كشاورزي آذربايجان غربي در سال 1346 با نام آزمايشگاه بررسي آفات و بيماريهاي گياهي اروميه تحت هدايت و پشتيباني موسسه بررسي آفات و بیماریهای گیاهی شروع بكار کرد. در سال 1356 این آزمايشگاه به ساختمان جديدي كه در محوطه پنج هكتاري در جاده اروميه سلماس، جنب سازمان جهاد کشاورزی ساخته شده بود تغيير مكان داد. در سال 1364 به واسطه تأسيس مركز تحقيقات كشاورزي، قسمت‌هایي از ساختمان به بخش‌هاي اصلاح بذر، چغندر قند، و خاكشناسي اختصاص يافت و آزمايشگاه نيز به عنوان يكي از بخش‌هاي تابعه اين مركز درآمد. از دستاوردهای مهم بخش می توان به تحقیق و ترویج استفاده از روش های کنترل بیولوژیک (پارازیتوئیدها، شکارگرها و حشره کش های میکروبی) در کنترل آفات و بیماریها، کاهش دفعات و مصرف سموم شیمیایی اشاره کرد. اين بخش با شش عضو هیات علمی، یک محقق و دو کارشناس در سال جاري در مجموع 31 طرح تحقيقي در زمینه‌هاي آفات و بيماريهاي گياهي و علف‌هاي هرز محصولات باغي و زراعي در دست اجراء دارد. همکاران بخش در کنار امور پژوهشی در بسیاری از فعالیت های ترویجی (برنامه های رادیو و تلویزیون، محققان معین، روز مزرعه، هفته انتقال یافته ها، شبکه شاک، شبکه برکت، کاروان ترویجی و یاوران تولید) با سازمان جهاد کشاورزی و فعالیت های آموزشی در راهنمایی و مشاوره پایان نامه های تحصیلات تکمیلی با دانشگاه ها و تدریس دوره های تخصصی با سازمان نظام مهندسی کشاورزی استان همکاری دارند.