بخش تحقيقات حفاظت خاک و آبخيزداري در سال 1371 در مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان آذربایجان غربی شروع به کار کرد. در حال حاضر این بخش دارای یک عضو هیات علمی، دو محقق و چهار کارشناس تحقیقات می باشد. از اهم فعالیت های پژوهشی بخش تحقیقات حفاظت خاک و آبخیزداری می توان به حفاظت خاک، مهندسی و ساماندهی رودخانه ها، هیدرولوژی و توسعه منابع آب، مدیریت و بهره برداری از سیلاب و مدیریت حوزه های آبخیز اشاره کرد.